La parda Maria a pesar del dolor, continuó sirviendo como auxiliar durante el exitoso avance sobre el Alto Perú, en la derrota de Huaqui y en la retirada que le siguió. En vísperas de la batalla de Tucumán se presentó ante el general Manuel Belgrano para pedirle que le permitiera atender a los heridos en las primeras líneas de combate. El general Belgrano era muy reacio a la presencia de mujeres entre sus tropas, ya que consideraba que su presencia distraía a los soldados. Le negó el permiso, pero al iniciarse la lucha a Del Valle no le importó y llegó al frente alentando y asistiendo a los soldados, quienes comenzaron a llamarla la «Madre de la Patria». Tras la decisiva victoria, Belgrano terminó nombrandolá capitana de su ejército, la primer capitana mujer. Pero las buenas noticias duraron poco y en la Batalla de Ayohuma en noviembre de 1813, María fue herida de bala y tomada como prisionera por el ejército realista. Por ser revolucionaria, mujer y parda los realistas decidieron dar un mensaje a otras mujeres a través del cuerpo de María: fue condenada a 9 días de azotes públicos.
Las huellas de María se pierden luego de aquel escarmiento público. Algunos estudiosos dicen que logró escapar y ayudó a huir a otros del campo de prisioneros. Lo cierto según expedientes de los años 1826 a 1830, es que María Remedios del Valle cayó en la mendicidad y fue precisamente en 1826 cuando acudió a la Honorable Junta de Representantes en búsqueda de una pensión por los servicios prestados a la causa revolucionaria. María con sus 60 años y heridas de guerra, pedía limosnas en iglesias para poder comer. Juan Jose Viamonte fue uno de los que la reconoció, acompañó y apoyó la gestión iniciada por María Remedios. Dado que no había documentos y varios de los combatientes a que ella hacía referencia en las audiencias ya no estaban en este mundo, sus heridas de guerra y las feroces cicatrices que los realistas dejaron en su espalda como marcas indelebles del dolor y la guerra, fueron tomadas como evidencia de que María era quien decía, la capitana del ejército revolucionario.
En 1828 el general Viamonte declaró en una sesión de la Junta de Representantes: “Esta mujer es realmente una benemérita. Ella ha seguido al ejército de la patria desde el año 1810. No hay acción en que no se haya encontrado en el Perú. Era conocida desde el primer general hasta el último oficial en todo el ejército. Ella es bien digna de ser atendida porque presenta su cuerpo lleno de heridas de balas, y lleno además de cicatrices de azotes recibidos de los españoles enemigos y no se la debe dejar pedir limosna como lo hace.”
El pedido de María finalmente fue hecho realidad en el año 1830. Se le otorgó un sueldo, el cargo de Sargento Mayor de Caballería y Juan Manuel de Rosas la incluyó en la Plana Mayor. De sus últimos años, se conoce bastante menos. Adoptó el nombre de María Remedios del Valle Rosas, con el que luego continuaría apareciendo en las listas hasta la fecha de su muerte, ocurrida el 8 de noviembre de 1847.